Szakcs határában a mai falutól mint egy hét kilométerre - a rómaiak idején állt egy jelentős erőd, melyre nemrégiben Bertók Gábor, a Magyar Akadémia Régészeti Intézetének munkatársa bukkant rá légi felvételek nézegetése közben.
A föld alatt rejtőzködő város épületeinek falmaradványait eddig alig-alig bolygatták meg, ám most egy alapítvány azt tervezi, hogy feltárja a területet.
A honfoglaláskor Tolna megye nagy része-benne Szakcs is Árpád vezér törzsének birtoka lett.
A középkorban fontos egyházas hely volt, a regölyi főesperességhez tartozott.
A falu 1388-ban mezővárosi rangot kapott és a térség legjelentősebb településévé vált. 1563-ban azonban római katolikus templomát a törökök lerombolták és a papját megölték. Azt követően a község teljesen elnéptelenedett, Tolna megye 1696. évi "portioadó" elosztási jegyzékben nem található.
A török hódoltság után a környező településekhez hasonlóan Szakcs is Herceg Esterházy család birtoka lett és magyarok mellett rácok is letelepedtek. 1710-ben még csak húsz családot írtak össze, 20 év múlva hatvanegyet, 1753-ban pedig már száztizenötöt. Negyvenkét évvel később visszakapta egyszer már kiérdemelt mezővárosi rangját négy országos vásár tartásának jogával együtt.
Barokk stílusú templomát is ebben az időben építették fel a római katolikus hívők. A mezőgazdaság mellett a település életében a XVIII-XIX. században fontos szerepet töltöttek be a jeles iparosokból és mesteremberekből álló kézműves céhek.
Az 1848-ban mintegy háromezer fős mezőváros 210 nemzetőrt állított ki. Fényes Elek 1851-ben megjelent Magyarország Geographiai Szótárban következőket írta:"Szakcs Tolna megyében, egy hosszan elnyúló, gyönyörű völgyben fekszik.
Határa termékeny, erdeje nagy és tele vadakkal, szőlőhegye tartós fejér bort terem, téres legelője sok szarvasmarhát, juhot tenyészt, négy országos vására élénken látogattatik." A XX. Század első felében az itt élők többsége földműveléssel és állattenyésztéssel kereste a kenyerét. Egy fűrész malma és egy tégla gyára is volt.
A második világháború után a termelőszövetkezet szervezése rengeteg magángazdát érintett. Az 1960-as évektől kezdve a szakcsi fiatalok egy része máshova költözött és emiatt a falu lélekszáma jelentősen csökkent.
A rendszerváltást követően sokan jutottak ismét földhöz és lettek kistermelők, vagy mezőgazdasági vállalkozók.